La Fondation JDB est administrée par un conseil comprenant 12 membres et présidé par le Professeur Jean BERTSCH depuis la fin de l’année 2017.

Ce conseil d’administration est structuré en 3 collèges : le collège des fondateurs (Ligue nationale contre le cancer et le Comité de l’Essonne de la ligue contre le cancer), le collège des partenaires institutionnels (l’Université Paris Saclay et la Communauté de communes du Pays de Limours) et le collège des personnalités qualifiées.

Il est par ailleurs accompagné par un commissaire du gouvernement.

Le conseil d’administration s’appuie sur plusieurs instances consultatives pour mener à bien ses missions.
- Le Bureau, composé de 4 membres : Pr Jean BERTSCH - Président, Dr Hervé GAUTIER - Vice-président, Dr Emmanuel RICARD – Secrétaire, France LEYD - Trésorière.

- Le conseil scientifique, présidé par le Pr Didier JOURDAN dont la mission consiste à réfléchir aux stratégies à mener sur le plan scientifique.

- La commission pédagogique, présidée par Monique DUPUIS, en charge de définir la stratégie et les programmes d’intervention de la Fondation JDB.

- La commission de gestion, présidée par le Dr Hervé GAUTIER, en charge de définir la stratégie et les actions concernant la gestion des ressources de la Fondation JDB (ressources humaines, budgétaires, matérielles, patrimoine immobilier et financier).